Описание
Этот комплексный клинический тест состоит из нескольких независимых клинически апробированных технологий:
• Полное секвенирование экзома – кодирующие участки всех генов человека.
• Около 13 000 дополнительных регионов в некодирующих и регуляторных областях с известными патогенными вариантами.
• Все гены митохондриального генома.
• Вариации числа копий генов (CNV) с повышенной точностью (ХМА экзонного уровня).
• Точки разрыва в таргетных регионах.
Виды генетических изменений, определяемых полным секвенированием генома:
- Однонуклеотидные и мультинуклеотидные варианты (SNV и MNV);
- Малые вставки-делеции (in/del) до 50 пар нуклеотидов
- Вариации числа копий генов (CNV), такие как делеции/микроделеции и дупликации/микродупликации различного размера;
- Варианты в митохондриальном геноме с детекцией гетероплазмии >5%;
Дополнительные регионы, покрываемые клиническим секвенированием генома
В большинстве случаев причиной генетического заболевания является вариант, расположенный в кодирующей последовательности гена (экзоне). Именно поэтому большинство тестов направлены на анализ этой области. В то же время, значимая часть патогенных вариантов находится вне кодирующей области. Часть из них находится в непосредственной близости к экзону. Но, такие участки имеют обычно меньшее покрытие целевыми зондами и точность анализа в них хуже. Другие патогенные варианты находятся на отдаленном расстоянии и не включаются в полное исследование экзома. Клиническое секвенирование генома включает специальные зонды покрывающие именно такие регионы, что обеспечивает высокое качество анализа фланкирующих областей и включает интронные и регуляторные области, не покрываемые полным секвенированием экзома. Таким образом, исследование этих, дополнительных, регионов, ассоциированных с заболеванием но не входящих в кодирующую область генов, повышает точность диагностики.
Метод исследования и его клиническая эффективность: Секвенирование нового поколения (NGS) с минимальным числом прочтений каждого участка генома не менее 20x (это означает, что каждый таргентый участок генома прочитывается не менее 20 раз для снижения влияния технических ошибок сиквенса на результаты исследования). Следует знать, что клиническое секвенирование генома выявляет причину при подозрении на генетическое заболевание примерно у 50% пациентов в случае использования его в качестве теста теста первой линии. При клиническом секвенировании генома после панелей или полного секвенирования экзома дополнительное выявление вариантов происходит в 5-8% случаев (прежде всего за счет детекции вариантов в некодирующих участках генома и определения CNV c высоким разрешением).
Ограничения метода: Метод не выявляет генетические варианты в повторяющихся вариантах генома (гены, имеющие псевдогены, паралоги, сегментарные повторы). Короткие тандемные повторы, точки разрыва в таргетных регионах определяются с небольшой точностью. Точность метода, также снижена в сложных участках генома (GC богатые и poly-n участки).
