Описание
Секвенирование экзома – определение структуры кодирующих участков (всех генов) всех генов. В исследование включены как клинически значимые, так и все остальные гены человека. Термином “ТРИО” в генетике обозначают отца, мать и ребенка. Проведение полноэкзомного секвенирования ТРИО повышает его эффективность, по сравнению с аналогичным исследованием, проведенным только пробанду. Такой подход позволяет правильно классифицировать ранее не описанные варианты, варианты в генах кандидатах и значительно сокращает время постановки точного диагноза. Кроме того, проведение полноэкзомного секвенирования трио позволяет определить у родителей носительство патогенных мутаций, связанных с аутосомно-рецессивными заболеваниями и болезнями с поздним началом.
Виды генетических изменений, определяемых полным секвенированием экзома:
- Однонуклеотидные и мультинуклеотидные варианты (SNV и MNV) в экзонах всех генов;
- Малые вставки-делеции (in/del) до 50 пар нуклеотидов
- Вариации числа копий генов (CNV), такие как делеции/микроделеции и дупликации/микродупликации среднего и крупного размера (с огранчениями);
Тест рекомендуется, в случаях, когда другими методами не удалось установить причину заболевания, но есть высокая вероятность его генетической природы. В таких случаях рекомендуется проведение исследования пробанду и родителям с целью поиска генов с неизвестной клинической значимостью (GUS). При обнаружении общего патогенного варианта в таких генах можно рассматривать их как причину заболевания, при наличии дополнительной информации об этих генах и обнаруженных вариантах. Полное секвенирование экзома в некоторых случаях может быть полезно для переанализа данных, когда может появиться информация о клинической значимости генов, которые ранее были классифицированы как гены с неизвестной клинической значимостью (GUS).
Метод исследования и его клиническая эффективность: Секвенирование нового поколения (NGS) со средним числом прочтений каждого участка генома не менее 70x (это означает, что каждый участок генома прочитывается в среднем 70 раз для снижения влияния технических ошибок сиквенса на результаты исследования). При полном секвенировании экзома после секвенирования панели генов дополнительно выявляются от 5 до 15% патогенных вариантов. Если тест выполнялся в качестве первой линии диагностики, вероятность обнаружения причины заболевания составляет 15-40% в зависимости от заболевания. При полном секвенировании экзома после клинического секвенирования экзома дополнительного выявления вариантов патогенных вариантов в клинически значимых генах как правило не происходит.
Ограничения метода: Метод не выявляет генетические варианты в повторяющихся вариантах генома (гены, имеющие псевдогены, паралоги, сегментарные повторы). Точность метода, также снижена в сложных участках генома (GC богатые и poly-n участки).
